Assim como no primeiro
Half-Life, o
enredo tem uma participação significativa na compreensão do ambiente em que se passa a história. O personagem principal,
Gordon Freeman, continua não falando sequer uma palavra durante todo o jogo. Mesmo assim, os
diálogos ganharam maior ênfase e alguns são extremamente importantes para saber o objetivo em determinado momento, ou no decorrer de um período.
O misterioso
G-Man retorna, explicando a Freeman apenas que há uma nova missão, e que seus feitos são determinantes para a conjuntura
social/
econômica de um
governo. Então Gordon se vê dentro de um trem, muito deteriorado e envelhecido, indo para
City 17, o cenário principal do jogo. Tudo indica que desde o final de
Half-Life, G-Man manteve Gordon preso no espaço/tempo, já que aproximadamente 20 anos se passaram desde o incidente em
Black Mesa [1], e Gordon não envelheceu (Fato que explica a teoria de que o mesmo estava aprisionado na espaço/tempo).
Dr. Breen, antigo administrador do complexo de pesquisas Black Mesa (situada na extinta Lambda Core), é actualmente o governador e representante dos
humanos perante os
Combine, raça
alienígena responsável pela
escravidão e controle dos habitantes da
Terra. Noventa por cento do poder
bélico dos
Combine é composto por
tecnologia terrestre, modernizada e modificada, e
soldados humanos,
lobotomizados e com melhoramentos
cibernéticos.
Seguindo a linha de
inteligência artificial avançada, dessa vez o protagonista tem o apoio de um grupo
rebelde aos
Combine, no qual
Gordon participa ativamente ao lado de
Alyx Vance, Eli Vance (filha e pai, respectivamente),
Barney Calhoun (personagem de
Half-Life: Blue Shift),
Judith Mossman,
Dr. Kleiner entre outros. Os acontecimentos desde a aparição de
Gordon, tem consequências gritantes na moral dos rebeldes.